A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.BlogOne-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products.

CHIMICA DI SUPERFICIE DEGLI ESTERI SUCCINIMIDILICI: IMPLICAZIONI DELLA CONCORRENZA TRA AMINOLISI E IDROLISI PER L’IMPLEMENTAZIONE DI PROTEINE COVALENTI

  1. I gruppi terminali dell’estere N-idrossisuccinimmide (NHS) sono comunemente usati per accoppiare in modo covalente biomolecole contenenti ammine (ad esempio proteine ​​e peptidi) alle superfici tramite legami ammidici. Questa aminolisi in una fase viene spesso eseguita in soluzioni acquose tamponate vicino al pH fisiologico (pH 6 a pH 9). In queste condizioni, l’idrolisi del gruppo estere compete con il processo di amidazione, riducendo potenzialmente la resa della chimica di accoppiamento. Lo studio ha studiato l’efficacia  dell’immobilizzazione di proteine ​​covalenti in un tampone borato (50 mM, pH 8,50) utilizzando un monostrato di tiolato formato da chemisorbimentoditiobis (succinimidil propionato) (DSP) su oro. La struttura e la reattività di questi strati pubblicitari sono valutate mediante spettroscopia a infrarossi (IR), spettroscopia fotoelettronica a raggi X (XPS), desorbimento di riduzione elettrochimica e misurazioni dell’angolo di contatto.
  2. Si propone che l’idrolisi del monostrato a base di DSP segua il meccanismo di reazione con la fase di nucleazione iniziale, in contrapposizione alla semplice legge del tasso di pseudo primo ordine per la reazione complessiva, indicando la forte dipendenza dall’impaccamento della reazione interfacciale e la presenza di difetti nell’adlayer. Questa interpretazione viene utilizzata nella successiva analisi dei grafici cinetici IR-ERS, che danno una costante di velocità di aminolisi non uniforme, ka, che è più di 3 ordini di grandezza inferiore alla costante di velocità di idrolisi non uniforme, kh. Ancora più importante, la proiezione di questi tassi cinetici eterogenei sull’immobilizzazione delle proteine ​​suggerisce che in condizioni di accoppiamento che utilizzano basse concentrazioni proteiche e tamponi con un pH vicino a fisiologico,

Quantificazione delle cellule CD4 + antigene-specifiche in proliferazione mediante carbossifluoresceina succinimidil estere.

È stato descritto un metodo semplice, in vitro, basato sulla diluizione del colorante per misurare la proliferazione delle cellule CD4  + T antigene-specifiche  nelle cellule mononucleate del sangue periferico umano (PBMC). Lo sviluppo di coloranti fluorescenti stabili e non tossici come la carbossifluoresceina succinimidil estere (CFSE) può distinguere le cellule T antigene-specifiche rare dagli astanti riducendo la colorazione della fluorescenza, che può essere rilevata mediante citometria a flusso. Questo metodo presenta i seguenti vantaggi rispetto ad approcci alternativi: (i) è altamente sensibile ai linfociti T a bassa frequenza, (ii) non è richiesta alcuna conoscenza dell’antigene o dell’epitopo, (iii) è possibile analizzare il fenotipo dei responder e (iv) le cellule vitali che rispondono possono essere ordinate e utilizzate per ulteriori analisi come la clonazione dei linfociti T.

Uso di carbossifluoresceina succinimidil   estere (  CFSE   ) per identificare cellule staminali simili al glioblastoma inattive.

La resistenza del cancro alle terapie convenzionali è una sfida importante nella lotta contro il cancro, una malattia pericolosa per la vita. Questa resistenza è dovuta principalmente all’eterogeneità del tumore, e più specificamente all’esistenza di cellule “staminali” che rimangono dormienti per lungo tempo e quindi evitano i comuni farmaci antitumorali, con conseguente fallimento del trattamento. Pertanto, prendere di mira questa sottopopolazione sarebbe una strategia praticabile per superare il carico tumorale.
Questo compito scoraggiante richiede una comprensione profonda e approfondita della biologia della popolazione di cellule staminali a riposo, della loro interazione con il microambiente tumorale e dei meccanismi utilizzati per persistere nonostante le terapie aggressive. In questo capitolo, descriviamo procedure tecniche dettagliate per isolare cellule staminali inattive o scarsamente in divisione da cellule tumorali di glioma coltivate mediante colorazione della carbossifluoresceina succinimidil estere (CFSE) e analisi citofluorimetrica. Le cellule di glioblastoma inattivo con caratteristiche simili allo stelo vengono caratterizzate e quindi isolate in base alla loro capacità di mantenere l’etichettatura CFSE.

Importanza clinica delle  microsfere marcate con 5 (e 6) -carbossifluoresceina succinimidil estere    nel rilevamento di cellule progenitrici endoteliali nel sangue periferico umano

Lo scopo di questo studio era di stabilire un metodo di citometria a flusso a piattaforma singola utilizzando microsfere marcate con 5 (e 6) -carbossifluoresceina succinimidil estere (CFSE) come riferimento per determinare il numero di cellule progenitrici endoteliali (EPC) e per valutare il efficacia di questo metodo di rilevamento. La citometria a flusso a piattaforma singola è stata utilizzata per contare il numero di cellule utilizzando microsfere fluorescenti colorate con CFSE come riferimento interno  e i numeri EPC nei campioni sono stati confrontati con un test di conteggio clonogenico in vitro utilizzando questo nuovo metodo.
I risultati dei due metodi di conteggio sono stati coerenti e rispetto al test di conteggio clonogenico in vitro, il tempo e il costo del nuovo metodo sono stati significativamente ridotti, nonché i corrispondenti requisiti tecnici. I risultati attuali indicano che la citometria a flusso a piattaforma singola, con microsfere marcate con CFSE come riferimento, fornisce un rilevamento più rapido e migliore delle EPC nei campioni di sangue periferico umano con tempi e costi ridotti, rendendola più adatta per applicazioni cliniche di routine.

L’uso del succinimidil estere del diacetato di carbossifluoresceina   per     monitorare la glicazione intracellulare delle proteine.

La glicazione proteica è un processo onnipresente associato alle complicanze vascolari osservate nel diabete. Il gliossale (GO), l’ossaldeide reattiva intracellulare, che è uno dei fattori di glicazione più forti, reagisce prontamente con le ammine presenti sulle proteine ​​per formare l’addotto carbossimetillisina derivato dalla lisina, che è il prodotto finale della glicazione avanzata dominante (AGE). Il nostro gruppo ha precedentemente dimostrato che l’esposizione delle cellule al GO porta a un cambiamento nell’attività contrattile delle cellule che può verificarsi a seguito della glicazione di varie proteine ​​che regolano il meccanismo contrattile delle cellule.
Qui abbiamo misurato l’intervallo di glicazione di tre proteine ​​funzionalmente distinte note per essere coinvolte nella  contrazione cellulare e nell’organizzazione del citoscheletro – Rho chinasi (ROCK), actina e gelsolina (GSN) – utilizzando un test basato sulla reazione della membrana cellulare – sonda fluorescente di carbossifluoresceina trasmissivasuccinimidil diacetato estere (CFDA-SE) che reagisce con i gruppi amminici primari nelle proteine. Combinando la fluorescenza CFDA-SE e il rilevamento di Western blot, abbiamo osservato (dopo l’incubazione GO) un aumento dell’actina e della glicazione ROCK, nonché una maggiore interazione actina-GSN osservata dalla co-immunoprecipitazione. Pertanto, giungiamo alla conclusione che l’uso della sonda fluorescente CFDA-SE è un’interessante alternativa all’analisi comparativa del grado di glicazione intracellulare delle proteine ​​nelle cellule viventi.

Metodo di etichettatura per succinimidil esteri di carbossifluoresceina   diacetato per studiare l’interazione tra Leptospira e macrofagi

La leptospirosi, causata da specie patogene del genere Leptospira, è diventata una delle zoonosi più comuni al mondo. L’esatto meccanismo della patogenesi rimane sconosciuto e l’interazione tra Leptospira e macrofagi non è ben compresa. In questo studio, riportiamo che l’  estere succinimidil di carbossifluoresceina diacetato (CFDA-SE) può etichettare efficacemente diversi ceppi di Leptospira interrogans senza influenzare la motilità, la vitalità o la virulenza dei batteri.

PB succiniMidyl ester

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Cyanine 555 Succinimidyl Ester

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Cyanine 555 Succinimidyl Ester

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Cyanine 647 Succinimidyl Ester

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Cyanine 647 Succinimidyl Ester

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Cyanine 680 Succinimidyl Ester

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Cyanine 680 Succinimidyl Ester

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Cyanine 750 Succinimidyl Ester

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Cyanine 750 Succinimidyl Ester

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5-dR110, succinimidyl ester

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317-5mg AAT Bioquest 5 mg 5306 EUR

CF®514 Succinimidyl Ester

92103 Biotium 1UMOL 295 EUR

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CF®620R Succinimidyl Ester

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Thioflavin T, succinimidyl ester

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iFluor® 546 succinimidyl ester

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1384-1mg AAT Bioquest 1 mg 334 EUR

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1389 AAT Bioquest 1 mg 341 EUR
Dopo la co-incubazione, le leptospirali marcate con CFDA-SE legate ai macrofagi sono state quantificate mediante citometria a flusso o microscopia confocale. Inoltre, abbiamo dimostrato che il blu trypan era efficace nel sopprimere la fluorescenza extracellulare delle leptospire adiacenti, che ha consentito la discriminazione dei batteri intracellulari ed extracellulari.